提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
“村界杯”,对全民体育的生动诠释******
“春节期间,江苏徐州沛县八堡村的足球比赛在当地火了,每天都有十里八乡的村民来观赛……烤红薯等商业配套也跟过来了,停车都停不下来。村民也都不打牌了,都出来看比赛。”据1月31日澎湃新闻网报道,这是《人民日报》在春节期间发布的一段微博,当时还配发了“村界杯”比赛的画面。这条微博很快爆火,央视新闻频道也进行了题为“小小乡村足球赛,千人欢聚过大年”的报道。
2022年篮球“村BA”火了,2023年足球“村界杯”也要火?近年来,即便在国内足球联赛上,也很难见到如此火爆的比赛场景。乡村草根足球比赛虽然专业水平不高,但胜在人气旺,民间基础好,群众参与度高,村民观赏热情足,可谓真正的群众体育。
据介绍,这座足球场是2019年由当地政府建成后向老百姓免费开放的。三年来,踢球的队伍越来越多,最终形成了“村界杯”比赛。今年,除沛县当地球队及徐州市其他地区球队外,还有来自山东的球队参加,活动影响力越来越大。可见,免费足球场地的存在,不仅激发了村民踢球的兴趣,也助推了当地足球运动的火热和“村界杯”的兴起。
“村界杯”名声大噪,村民都来围观比赛,带火了“商业配套”,形成了良性循环,甚至吸引了周边学校的小球员观赛。当地知名足球运动员也在回家过年时,去现场观看了“村界杯”,为参赛球员加油助威,发微博宣传家乡足球活动。
这种自发组织的民间草根足球比赛,丰富了村民的业余文化,促进了群众体育的发展,还有助于鼓励更多人参与足球运动。从去年的篮球“村BA”,到今年的足球“村界杯”,这种原生态的基层体育活动,不仅在线下受到村民和球迷的欢迎,在网上也受到诸多网友的追捧,还原了乡村野生体育项目特色,展现了全民体育的生机活力。
“村界杯”的火爆,展现出了一种别样的竞技姿态,赛场上群众对足球的真挚热爱,令人动容。这样的赛事,点燃了公众对足球运动的热情,在民间播下了中国足球的种子。那些充满激情的奔跑和呐喊,或许正孕育着中国足球、乃至中国体育的未来。
我们为“村BA”“村界杯”喝彩,不仅是被群众的运动热情所感染,也是为全民体育鼓劲,为中国体育的未来加油。期待这股力量和精气神能继续传递下去,带动各地更好地发展全民体育,增加基层体育设施和资源投入,让群众拥有更多的免费体育活动场所,畅快淋漓地运动起来。(江德斌)
(来源:工人日报 2023年02月02日 05版)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)